Лучше конечно рисовать на бумаге. И легче, и точнее, и времени мало уходит на работу, особенно если ты много рисуешь. Если же ты хочешь нарисовать что-то одно, то можно и в программе.
Если просто скетчи то лучше на бумаге а если в цвете чтонибудь или со спецеффектами обычно фотошопа хватает за глаза а манга студию я как то раз поставил поковырялся и плюнул ради скринтонов и эффектов на задники держать ее на винте смысла нет.
в любом случае карандашный набросок должен быть, его же можно использовать в качестве шаблона на заднем плане (эскиз отсканирован или сфоткан). Далее советую использовать векторную программульку Corel Draw
,а можно Macromedia Flash
(совмещение вектора с растром ) , или для любителей растровой графики Corel PhotoPaint
, а касательно MangaStudio- соглашусь с GrrivaDKip, подобные примочки можно найти в любой толковой программе..