Ученик старшей школы, Эмия Сиро, становится невольным участником так называемой «Войны Святого Грааля», время от времени проходящей в японском городе Фуюки. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом — Святым Граалем, который исполнит любое желание победителя и, таким образом, изменит его судьбу. Каждый маг с момента своего начала участия в войне призывает слугу — одну из великих героических душ прошлого или будущего — сражающегося на стороне своего хозяина. Есть семь слуг, все они принадлежат к разным боевым классам: мечник, «Сэйбер», лучник, «Арчер», копейщик, «Лансер», всадник, «Райдер», «Берсеркер», убийца, «Ассассин» и заклинатель, «Кастер».
После смерти приемного отца юный Сиро Эмия жил-поживал в одиночестве в огромном поместье. Вырос 16-летний парень добрым, работящим и хозяйственным, потому был окружен заботой и вниманием сразу двух девушек – младшей школьной подруги Сакуры Мато и учительницы Тайги Фудзимуры, формально – опекуна, на деле – скорее старшей сестры. Все рухнуло, когда Сиро узнал, что родной город Фуюки – арена магической битвы за Святой Грааль, которая повторяется раз в несколько поколений. Вот только мир ускоряется, в итоге с последней войны прошло всего 10 лет – и уже пришла пора новой.