Вернувшийся и повзрослевший Наруто (ему уже 15 лет) стал более сильным, быстрым и даже в какой-то мере более умным. Меж тем все его сверстники к этому времени уже получили звание тюнина, а, к примеру, Нэдзи Хюга стал дзёнином. Изменилась и политическая обстановка — новым Кадзэкагэ Деревни Песка стал Гаара, а изображение Пятой Хокагэ, также как и её предшественников на этом посту, появилось на окружающей Коноху скале.
Спустя почти 3 года после окончания действия первой части аниме Саскэ по прежнему оставался с Оротимару. В отличие от Кабуто Якуси и других подчинённых Саннина, благоговейно называвших его «Оротимару-сама», Утиха не проявлял каких-либо признаков уважения, также, как он никогда не называл Какаси Хатакэ сэнсэем. Несмотря на то, что теперь Саскэ являлся частью Селения Звука, он не носил налобную повязку, как это делали другие ниндзя.
Спустя два с половиной года Сакура стала одной из первых, кто повстречал Наруто после его возвращения. Результаты её тренировок с Цунадэ стали видны, когда юноша попытался показать Конохамару своё новое извращённое дзюцу; Сакура, считая это непристойным, ударила его. Для «смотра сил» двух набравшихся опыта ниндзя, Какаси устроил то же испытание, что и тремя годами ранее, смыслом которого было отобрать у Копирующего ниндзя колокольчик.
Действие второй части аниме "Наруто" происходит спустя почти 3 года после событий первой. Обессилевший Оротимару, чьё тело начало постепенно отторгаться, вместе с Кабуто вёл подготовку к пересадке его души в тело Утихи. Однако у Саскэ были совсем другие планы — решив, что Саннин больше его ничему научить, напал на него. Неспособный полноценно сражаться из-за своего состояния, Оротимару принял свой истинный облик змея и попытался начать процесс перерождения, однако Утихе с помощью сярингана удалось его остановить и поглотить часть его сущности.